La chiesa sorge al posto di una chiesa del XIV secolo, costruita a partire al 1338 dall’ordine agostiniano. Nel 1659 qui vi svolsero i funerali del duca Francesco I, e le grandiosi decorazioni effimere montate per l’occasione ebbero così tanto successo che Laura Martinozzi, in occasione della morte del marito, il duca Alfonso IV nel 1662, fece trasformare la chiesa, rendendola il pantheon della famiglia estense (sebbene le tombe siano state traslate in San Vincenzo). Secondo un programma ideato dal letterato di corte Domenico Gamberti, e realizzato dall’architetto Giovanni Maria Monti, 47 statue, dodici busti e dodici rilievi illustrano la gloria eterna degli Este, e più in generale di tutti i monarchi, inserite in nicchie lungo tutta la navata. A completare il programma vi sono gli affreschi Sigismondo Caula, Francesco Stringa e Olivier Dauphin, con l’apoteosi dei santi inseriti nei cassettoni del soffitto. Dall’ingresso: Santa Margherita d’Ungheria, Sant’Enrico imperatore, Beata Beatrice d’Este al cospetto di Cristo, Cristo in gloria affiancato dalla Vergine e Sant’Agostino, San Benedetto da Norcia e San Domenico.
La facciata della chiesa, dalle forme molto semplici, è scandita da quattro lesene doriche, e conclusa da un frontone curvo che include anche un piccolo timpano. Il rosone in cotto è del XVI secolo.
L’interno, ad aula unica con cappelle molto profonde, è lungo 80 metri e largo 20, con copertura a capanna, la quale si appoggia direttamente al paramento murario. Vi sono in realtà due paramenti: separati da 40 cm di intercapedine, convivono le originali mura trecentesche con le più recenti realizzati nel Seicento.
Nella prima cappella a destra si può osservare l’opera più importante della chiesa, il complesso scultoreo con la Deposizione dalla Croce di Antonio Begarelli, datata 1530. Sotto la canteria si può vedere una Madonna del Bambino del XIV secolo, una delle poche opere rimaste in città di Tomaso da Modena.