La fondazione della Chiesa di San Francesco risale al 1244, appena diciotto anni dopo la morte del santo assisiate, il che la rende una delle chiese francescane più antiche al mondo. La costruzione procedette molto al rilento, al punto che ci vollero oltre due secoli per terminarla, e già nel 1535 fu rimaneggiata una prima volta. Dopo svariate vicissitudini (tra cui la trasformazione in stalla in epoca napoleonica), nel 1835 il duca Francesco IV affidò a Gusmano Soli il compito di restaurarla nelle forme attuali.
La chiesa, dalle forme neogotiche, si ricorda soprattutto per ospitare il gruppo scultore della Deposizione dalla Croce, opera di Antonio Begarelli datata 1531, posto sull’abside sinistra. Lungo la navata destra si trova l’altare Mainoni, costruito nel 1840 come ringraziamento per la fine dell’epidemia di colera che colpì Modena in quegli anni.
Il campanile a pianta ottagonale risale al Cinquecento, mentre la statua posta all’esterno è un’opera di Giuseppe Graziosi del 1920.